案例解析股权收购业务计税基础的计算
根据《财政部 国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知《（财税〔2009〕59号 ），股权收购，是指一家企业（以下称为收购企业）购买另一家企业（以下称为被收购企业）的股权，以实现对被收购企业控制的交易。本文结合案例解析股权收购业务计税基础的计算。
案例：A公司为了收购B公司持有的C公司100%股权（股权计税基础3000万元，公允价值10000万元），决定以A公司持有的D公司30%的股权（股权计税基础6000万元，公允价值9000元），以及现金1000万元支付。请问换股后A公司持有C公司股权，B公司持有D公司股权的计税基础各是多少？
收购方：A公司，被收购方：B公司，被收购企业：C公司
一、一般性税务处理
1.被收购方应确认股权转让所得或损失。B公司应确认股权转让所得10000-3000=7000万元。
2.收购方取得股权的计税基础应以公允价值为基础确定。A公司取得C公司股权的计税基础为10000万元。
3.被收购企业的相关所得税事项原则上保持不变。C公司的相关所得税事项原则上保持不变。
二、特殊性税务处理
第一步，取得现金一方确认股权转让所得。非股权支付应在交易当期确认相应的资产转让所得或损失，并调整相应资产的计税基础。非股权支付对应的资产转让所得或损失＝（被转让资产的公允价值－被转让资产的计税基础）×（非股权支付金额÷被转让资产的公允价值），B公司转让其持有的C公司股权的转让所得=现金1000万元×本次股转毛利率（10000-3000）/10000=700万元；即1000万元非股权支付中的利润是700万元，这部分要交企业所得税。资产的计税基础，是指企业收回资产账面价值过程中，计算应纳税所得额时按照税法规定可以自应税经济利益中抵扣的金额，700万所得已交过税将来可抵扣，应增加计税基础，因此转让后C公司股权计税基础会增加700万元，C公司股权新的计税基础为3700万元。
第二步，根据财税〔2009〕59号规定：
股权收购，收购企业购买的股权不低于被收购企业全部股权的50%，且收购企业在该股权收购发生时的股权支付金额不低于其交易支付总额的85%，可以选择按以下规定处理：
1.被收购企业的股东取得收购企业股权的计税基础，以被收购股权的原有计税基础确定。即B公司取得D公司股权的计税基础，以C公司原有计税基础3000万元确定。B公司取得D公司股权+收到的现金1000=C公司原股权3000+转让新增计税基础700，可以得出，B公司取得D股权计税基础=3700-1000=2700万元，D公司股权新计税基础为2700万元。
2.收购企业取得被收购企业股权的计税基础，以被收购股权的原有计税基础确定。即A公司取得C公司股权的计税基础，以C公司原有计税基础确定，C公司股权新计税基础=D公司股权新计税基础+现金1000=3700万元。
3.收购企业、被收购企业的原有各项资产和负债的计税基础和其他相关所得税事项保持不变。